Nach zwei Jahren im Kindergarten, treten die Mädchen und Knaben in die Primarstufe über. Die Eltern werden von der Schulleitung jeweils rechtzeitig über das Verfahren des Übertritts informiert. 
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In den ersten Schuljahren werden Fertigkeiten im Lesen, Schreiben und Rechnen vermittelt. Durch das Lernen in der Klasse wird der Sinn für gemeinschaftliches Arbeiten gefördert und die Persönlichkeit des Kindes gestärkt. Auch die Bereiche Musik, Bildnerisches Gestalten, Textiles Werken, Bewegung und Sport sowie die Sprachen Englisch und Französisch werden gepflegt. Im Unterricht werden die unterschiedlichen Lernfähigkeiten und Bedürfnisse der Schülerinnen und Schüler berücksichtigt. Ein wichtiges Ziel der Primarschule ist die Förderung von Selbständigkeit und Eigenverantwortlichkeit der Kinder.

Kinder, die den Anforderungen zum Übertritt in die erste Klasse nicht gewachsen sind, können die Einschulungsklasse besuchen. Dort wird der Lehrstoff der ersten Klasse auf zwei Schuljahre verteilt. Am Ende der Einschulungsklasse treten die Kinder in die zweite Klasse der Primarschule ein.

Die Schule Obersiggenthal ist eine integrative Schule, d.h. Kinder mit Lernschwierigkeiten werden in der Regelklasse unterrichtet und nicht in einer Kleinklasse separiert. Alle Klassen erhalten dafür Unterstützung durch speziell ausgebildete schulische Heilpädagoginnen und Heilpädagogen.